Vykdomasis sekretoriatas yra tiesiogiai pavaldus generaliniam direktoriui. Vykdomasis sekretoriatas vykdo generalinio direktoriaus ir sričių direktorių pavestas užduotis, dalyvauja rengiant Kauno klinikų vidaus ir išorės dokumentus ir jų korekcijas. Vykdo Kauno klinikų padaliniams ir darbuotojams pavestų užduočių kontrolę ir įgyvendinimą, kontroliuoja Kauno klinikų darbuotojų rengiamų vidaus ir išorės dokumentų atitikimą generalinio direktoriaus įsakymams.
Padalinio vadovas dirba su generaliniu direktoriumi, specialistai ir vyr. specialistai - su sričių direktoriais ir koordinavimo tarnybų vadovais. Atlieka jų pavestas užduotis, derina darbotvarkes.
